O Conselho Académico (CA) é um órgão consultivo do Conselho Universitário (CUN) e do Reitor. Entre outras competências, cabe ao CA pronunciar-se sobre os curricula, a criação de novos cursos, o processo de ensino e aprendizagem, a investigação científica, os planos de doutoramento bem como propor ao CUN a alteração dos Estatutos da UEM e regulamentos de carácter pedagógico.

O CA é composto pelo Reitor, Vice-Reitores (2), Director Pedagógico, Director Científico, docentes (10) representando diferentes áreas científicas e quatro directores de unidades orgânicas da UEM eleitos pelo Conselho de Directores. O mandato dos membros do CA tem a duração de três anos, podendo ser renovado. As sessões do CA são convocadas e presididas pelo Reitor e, no seu impedimento, pelo Vice-Reitor para a Área Académica.

O CA reúne-se ordinariamente três vezes ao ano e, extraordinariamente, sempre que o seu Presidente o convocar ou quando requerido por um mínimo de um terço dos seus membros.
As decisões deste órgão são tomadas por consenso ou por maioria simples dos membros presentes.

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