A investigação na UEM é realizada maioritariamente pelos Centros de Investigação e pelas Faculdades.
A UEM realiza em média anual 500 projectos de investigação. A maior parte dos projectos são desenvolvidos na área de Agronomia, decorrente da importância conferida aos sectores de agricultura e florestas nas estratégias de desenvolvimento nacional.
Deste conjunto de projectos de investigação em curso podemos destacar:
Produção de farinha com recurso a vagens de moringa; Desenvolvimento de novas formulações de fertilizantes compostos para as culturas de milho e soja;
Abertura de canais de drenagem no povoado de Chichocane;
Desenvolvimento de metodologias para a produção e plantio de mudas de Avicena marina para a restauração das áreas degradadas ao redor do Município de Quelimane;
Concepção e construção de fogão solar, uma inovação a disseminar em comunidades que praticam o abate do mangal para a produção de carvão
Formação em produção de frangos de corte, no Distrito de Mabalane, e produção de caprinos, no Distrito de Guijá;
Diagnóstico do vírus da mancha branca do camarão implementação da iniciativa conjunta KAYA CLÍNICA para a melhoria de habitabilidade básica no
Centro Comunitário do Bairro George Dimitrov;
Treinamento de agricultores e criadores da Ilha KaNhaka em métodos para a melhoria da produção e produtividade agrícolas, bem como da sanidade animal.