A investigação na UEM é realizada maioritariamente pelos Centros de Investigação e pelas Faculdades.
A UEM realiza em média anual 500 projectos de investigação. A maior parte dos projectos são desenvolvidos na área de Agronomia, decorrente da importância conferida aos sectores de agricultura e florestas nas estratégias de desenvolvimento nacional.
Deste conjunto de projectos de investigação em curso podemos destacar: