Dispersos pelas diferentes unidades académicas, Faculdades, Escolas e Centros, os laboratórios têm por objectivo atender às necessidades dos estudantes, docentes, investigadores e outros stakeholders interessados na realização de trabalhos de pesquisa científica diversas desde básica à clínica. Os laboratórios permitem a prática de actividades relacionadas com o ensino, investigação e extensão bem como o desenvolvimento do conhecimento e formação de pessoas nas suas respectivas áreas de interesse.
Os laboratórios da UEM apresentam características peculiares em termos de tipologia, tipo de usuários, e finalidade de uso. podem ser exclusivamente para ensino aprendizagem, investigação ou ainda extensão, havendo, inclusive, casos de uso multidisciplinar.
O horário de funcionamento normal dos laboratórios da UEM é das 07:30h às 15:30h, segundo o Estatuto Geral dos Funcionários e Agentes do Estado. Sempre que houver necessidade dos usuários permanecerem nos laboratórios, este período pode ser antecipado ou prolongado mediante autorização prévia do responsável do laboratório.
Na UEM existem laboratórios e outras infraestruturas de apoio à investigação em diferentes áreas científicas: