O Reitor da Universidade Eduardo Mondlane é nomeado pelo Presidente da República.
Sob a orientação geral do Conselho Universitário, o Reitor representa e dirige a Universidade Eduardo Mondlane.

São competências do Reitor:

• Representar a Universidade Eduardo Mondlane;
• Propor ao Conselho Universitário as linhas gerais da orientação da vida da Universidade Eduardo Mondlane, os planos de médio e longo prazos, o plano e orçamento anuais, e submeter ao mesmo órgão os relatórios anuais de actividades e contas;
• Designar, após consulta, membros para órgãos colegiais sempre que houver necessidade;
• Nomear, exonerar e demitir, após consultas, os Directores e Directores Adjuntos de Faculdade e de Serviços Centrais e os Chefes de Departamento;
• Propor ao Conselho Universitário a estrutura dos Serviços Centrais bem como as alterações que venham a ser necessárias;
• Admitir, promover, exonerar e demitir docentes, investigadores e elementos do Corpo Técnico e Administrativo de acordo com a lei, os estatutos e demais regulamentos em vigor na Universidade Eduardo Mondlane;
• Assegurar a correcta execução das deliberações do Conselho Universitário e das recomendações aprovadas pelos Conselhos Académicos e de Directores bem como o cumprimento dos regulamentos e normas em vigor na Universidade Eduardo Mondlane;
• Superintender na gestão académica, administrativa e financeira, garantindo a harmonização do funcionamento das unidades orgânicas da Universidade Eduardo Mondlane;
• Aprovar os programas de formação dos docentes;
• Atribuir títulos honoríficos, ouvido o Conselho Académico;
• Definir e orientar o apoio a conceder aos estudantes no quadro dos serviços sociais e das actividades extra-curriculares;
• Orientar e promover o relacionamento da Universidade Eduardo Mondlane com organismos ou entidades nacionais, estrangeiras e internacionais.

Cabem ao Reitor todas as competências que por lei ou pelos Estatutos não sejam atribuídas a outros órgãos da Universidade Eduardo Mondlane.
O Reitor poderá delegar algumas das suas competências nos Vice-Reitores e nos Directores das unidades orgânicas.