O Gabinete de Auditoria Interna foi criado pelo Despacho nº 155/RT/2008, de 20 de Agosto, faz parte do Subsistema de Auditoria Interna, do Sistema de Administração Financeira do Estado, nos termos da secção VI, do artigo 81 da Lei no 14/2020, de 23 de Dezembro e tem como objectivos:
Aumentar e proteger o valor da instituição, através de provimento de serviços de avaliação, consultoria e conhecimento baseados em risco;
Auxiliar a instituição a alcançar os seus objectivos e melhorar a eficácia dos processos de gestão de risco, controlo e governança;
Fiscalizar a correcta utilização dos recursos públicos postos à disposição da Universidade Eduardo Mondlane e a exactidão e fidelidade dos dados contabilísticos;
Garantir, por via da fiscalização, a uniformização da aplicação das regras e métodos contabilísticos; e,
Verificar o cumprimento das normas legais e procedimentos aplicáveis.